Boa tarde, Victor.
Acho que o mais importante em relação à isso é deixarmos bem claro que a norma pede que o sistema esteja organizado por processos e não necessariamente por setor. Normalmente, um setor desempenha mais que um processo e, muito frequentemente, um processo é desempenhado por vários setores.
Existem empresas que não certificam todos os seus processos, mas sim apenas aqueles que elas julgam relevantes para o sistema de gestão da qualidade e para seus clientes.
Espero ter ajudado!
Tatiane Pertile
AGQ Brasil